Katonai és politikai felemelkedését megelőzően tanulmányait az Eperjesi Evangélikus Gimnáziumban folytatta. Apja, Thököly István halála után Erdélyben csatlakozott a Habsburg-ellenes kuruc felkeléshez. A bécsi udvarral szemben táplált ellenséges érzelmei miatt, fiatal kora ellenére, nagy népszerűségnek örvendett a száműzött magyar nemesség és a protestánsok körében. 1682-ben először Felső-Magyarország, majd pedig 1690-ben Erdély fejedelmévé választották. Az Oszmán Birodalomhoz való közeledése Habsburg-ellenességével magyarázható. A bécsi háború fontosabb csatáiban (Szalánkemén  , Zenta) a szultán mellett, a török lovasság élén harcolt. Az 1699-es karlócai békekötést követően utolsó éveit feleségével, Zrínyi Ilonával, törökországi száműzetésben töltötte.