Vor seinem militärischen und politischen Aufstieg begann Emmerich Thököly zunächst sein Studium an der Evangelischen Hochschule in Eperies. Nachdem sein Vater Stephan Thököly bei der Belagerung von Arwa starb, zog Emmerich nach Transillvanien zurück, wo er sich an den Kampf gegen die Habsburger über Ungarn beteiligte. Er war beliebt im Kreise des enterbten ungarischen Adel und Protestanten. Zuerst wurde er für den ersten König von Oberungarn im Jahre 1682 verkundet und später für den Fürsten von Siebenbürgen im Jahre 1690. Er näherte sich den Osmanen in seiner Suche nach den Verbündeten gegen Österreich. An der Sultans Seite beteiligte er sich in den wichtigsten Schlachten des Wiener Krieges, und führte die osmanische Kavallerie in der Schlacht von Slankamen und Zenta. Im Frieden von Karlowitz im Jahre 1699 wurde er namentlich von der Amnestie ausgenommen, nach dem setzte er sich mit seiner Frau Jelena Zrinski in Galata, nahe Konstantinopel, zur Ruhe.